lirmm.fr
Partenariats / Le LIRMM / Page d'accueil / Lirmm.fr / - LIRMM
http://www.lirmm.fr/le-lirmm/partenariats
Thèses et HDR soutenues. Le LIRMM et la Santé. Le LIRMM et l'Environnement. Le LIRMM et l'international. Accueil de doctorants étrangers. Le LIRMM est fortement impliqué dans de nombreux partenariats aussi bien au niveau régional, national mais aussi international. On trouvera dans cette rubrique nos principaux partenaires institutionnels et académiques, les partenariats économiques sont eux recensés dans la rubrique Innovation. Le LIRMM dispose de deux tutelles : le CNRS. Et l'Université Montpellier 2.
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/omeroDesc
Est un logiciel client-serveur pour la visualisation. Des images issues de la microscopie en biologie. Ce logiciel dispose d'outils capables d'importer des images en les organisant au sein de projets. De plus, OMERO permet un visionnage des images et de leurs analyses via des scripts. Pour finir, l'export d'images pour l'analyse ou la publication est également réalisable. Locale) et OMERO.web. Fournit un ensemble d'outils permettant l'accès et l'utilisation des données dans un serveur OMERO. New ISAtools...
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/infos
Associée aux équipe de recherche Genscale et Dyliss (Groupe Symbiose). Du centre de recherche INRIA Bretagne-Atlantique, la plate-forme GenOuest. Propose un ensemble d’outils bio-informatiques. Des banques de données publiques mises à jour régulièrement. Elle propose également la prise en charge de projets de développement. En bio-informatique ainsi que des formations. GenOuest est une plateforme de service publique gratuite. Dont le but est d’aider la communauté bio-informatique. EMME infrastructure pre...
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/emme
Project aims at facilitating the data integration and exchange. Among different entities of Biogenouest. In recent years, the volume and diversity of data from biological and biomedical technologies have greatly increased. This is due to multi-omics. Approaches performed on new species. EMME suggests the use of tools developed by the ISA team. To manage experimental metadata. Submission. Thus, information and data from each experiment will be more easily available. Is the first to suggest a general format.
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/changeLang?lang=fr&page=EMME
New ISAtools releases available. EMME training is scheduled Novembre 15 in Rennes. New ISAtools releases available. EMME training is scheduled Novembre 15 in Rennes. Updated and new Galaxy tools for an entire management of your ISATab studies into the EMME BII. ISAcreator version 1.7.2 is available. EMME project in JOBIM 2013 conference (PDF in Contacts-Links page). New Galaxy tool is available to inject your ISA experiment into EMME BII. Others Galaxy tools to manipulate ISArchive. EMME project is born.
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/tools
Create an experiment : ISA tools. Java Application for curators to customize and regulate the fields displayed in ISAcreator, by declaring some required fields and specifying allowed values (e.g. from a set of ontologies term). Friendly Java application with which the "experimentalists" can include or edit experimental metadata and validate the ISA-Tab files formatted according to the specified configuration (via the ISAconfigurator). These applications are launched by Java Web start. Is a web interface ...
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/services
Allows to realize bioinformatics analysis (NGS, proteomic, text manipulation, etc.) on data with a wide range of tools. Is a client-server software for visualization, management and images analysis from the microscope in biology. It consists of a local and a web-based application. The save of data files. For the EMME project can be done with the file manager called Pydio (formerly Ajaxplorer). Two FTP servers are available by Ajaxplorer : one for the storage (EMME FTP). Via the "Contacts - Links" tab.
emme.genouest.org
EMME PROJECT
http://emme.genouest.org/depot
Why a deposit files? A deposit files system. Has been set up to store. Files It was deployed to allow users depositing their data. The environment displayed offers the essential security services. Namely the management rights. User group). The user can chose to have private. Data or to share. It to the community. Users can log in with their Genouest account email. Password. To open a new account. Please visit the Genouest website via the "Contacts - Lin ks" tab. Application creates this online. New Galax...
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Partenariats / Le LIRMM / Page d'accueil / Lirmm.fr / - LIRMM
http://saturne.lirmm.fr/le-lirmm/partenariats
Thèses et HDR soutenues. Le LIRMM et la Santé. Le LIRMM et l'Environnement. Le LIRMM et l'international. Accueil de doctorants étrangers. Le LIRMM est fortement impliqué dans de nombreux partenariats aussi bien au niveau régional, national mais aussi international. On trouvera dans cette rubrique nos principaux partenaires institutionnels et académiques, les partenariats économiques sont eux recensés dans la rubrique Innovation. Le LIRMM dispose de deux tutelles : le CNRS. Et l'Université Montpellier 2.
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GenOuest Bioinformatics Platform
http://tools.genouest.org/tools/blast
Run a new blast. Blast 2.2.28. Blastn (nucleotide query, nucleotide databank). Blastp (protein query, protein databank). Blastx (nucleotide query, protein databank). Tblastn (protein query, nucleotide databank). Tblastx (nucleotide query, nucleotide databank, but at protein level). Highly similar sequences (megablast). More dissimilar sequences (discontiguous megablast). Somewhat similar sequences (blastn). PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST). PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST). Second numb...
