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田口英樹のサプリメント: ラボに導入された3Dプリンターでシャペロニン模型

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2014/10/3d.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12288;1年ほど前の本ブログにて、３Dプリンターで作成したシャペロニンの模型を貸してもらった旨を掲載した。→「 シャペロニンの模型が手元に！ 12288;そこで紹介したタンパク質模型は川上勝さん（現・山形大学・工・ ライフ３Ｄプリンタ創生センター. 12288;その川上さんが、最近出回ってきた廉価版の３Dプリンターでもタンパク質模型作れますよ、とおっしゃっていた。学内のある会議の雑談？で、「東工大･生命理工でも３Dプリンターを導入していろいろ活用しはじめてはいかがでしょうか？」と意見したところ、研究科で購入してくれることになった。川上さんにどの機種がよいのかなどアドバイスをいただいて、購入し、さしあたりうちのラボに置いてある。本体（UP! 12288;以下がうちのラボにある３Dプリンターで「印刷」したシャペロニンGroEL（白）とGroES（黄色）である。 12288;当初は、PDB（ Protein Data Bank. 65288;４）単色である&#...

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田口英樹のサプリメント: 2013/07 - 2013/08

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2013_07_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12288;幾何学的なパズルの類を楽しむ土壌が日本にはないのかと寂しく思ったりすることもあるが、最近出かけた国内出張先ですばらしいお店に遭遇した。木製玩具を扱う個人経営の小さなお店だ。 12288;外観は幼児向けっぽい玩具店だったが、中に入って一瞬で、すばらしい品揃えであることがわかった。しばらくは子供に交じって大の大人が一人黙々とあれやこれやとおもちゃをいじり、結局かなりの大人買い。右上の写真は購入した一部。少しずつ紹介していこう。 12288;これまでにも最終的に立方体にする木製パズルはいろいろと紹介してきた（例えば、「 経路の違うフォールディングパズル. 12301;など）。今回見つけたのもそれらに似ているが、もう少し自由度が高く、しかもパーツひとつひとつの色がちがっていて美しい。 パズルとしては簡単だが、 よりタンパク質らしいかもしれない。以下、崩した「変性」状態。 12300;柔らかくて透明なタンパク質模型（１）」. この「川上モデル&#12301...

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田口英樹のサプリメント: 2013/10 - 2013/11

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蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12288;夏前の国内出張でいくつかのブログネタのおもちゃを入手したと書いて最初のを登場させてから、あっという間に2ヵ月も経ってしまった。 今回紹介するのは、めずらしくプリオン（アミロイド）線維もどきのおもちゃである。 これが、とある酵母プリオンの論文 （DePace AH et al, Cell 93, 1241, 1998）の中のプリオンの模式図にそっくり。見てもらえば一目瞭然である。 12288;狂牛病のプリオン蛋白質は今のところPrP一種類しか知られていないが、出芽酵母（パン酵母）では十種類以上のプリオン蛋白質が既に見つかっている。しかも、おもしろいことに、機能もアミノ酸配列もちがう酵母プリオンはお互いに関係し合っているのである。 12288;そのメカニズムとして、異種間のプリオン線維がつながるというモデルがある。それが、上の写真で言えば、色違いのファイバーである。 SOM on Hideki Taguchi.

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田口英樹のサプリメント: 2014/10 - 2014/11

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蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12288;1年ほど前の本ブログにて、３Dプリンターで作成したシャペロニンの模型を貸してもらった旨を掲載した。→「 シャペロニンの模型が手元に！ 12288;そこで紹介したタンパク質模型は川上勝さん（現・山形大学・工・ ライフ３Ｄプリンタ創生センター. 12288;その川上さんが、最近出回ってきた廉価版の３Dプリンターでもタンパク質模型作れますよ、とおっしゃっていた。学内のある会議の雑談？で、「東工大･生命理工でも３Dプリンターを導入していろいろ活用しはじめてはいかがでしょうか？」と意見したところ、研究科で購入してくれることになった。川上さんにどの機種がよいのかなどアドバイスをいただいて、購入し、さしあたりうちのラボに置いてある。本体（UP! 12288;以下がうちのラボにある３Dプリンターで「印刷」したシャペロニンGroEL（白）とGroES（黄色）である。 12288;当初は、PDB（ Protein Data Bank. 65288;４）単色である&#...

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田口英樹のサプリメント: 2014/05 - 2014/06

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2014_05_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12288;このブログを読んでいる方からときおりメールが届くことがある。うれしいことで大いに励みになる。 12288;そして、今回は何とパズルが届いた。しかも、アメリカから！ と言っても、直接郵送されてきたのではない。ポートランドでポスドクをしている石川善弘さんが、Cold Spring Harbor Laboratory（CSHL）でのシャペロンミーティングに参加したうちのラボの丹羽助教に託してくれたのだ。 12288;写真はCSHLのショップの中のようだ。ここで仕入れたネタは以前紹介したことがある（→ 狂牛病の実体？ 65289;。奥まったところにあるのがちょっと不満だが･･･。 12288;本来はぼく自身、今回のCSHLミーティングに行くつもりで申し込みまでしたのだが、国内でやむを得ない用事ができてキャンセルした。 石川さん、どうもありがとうございました。 いずれ、どこかでお会いしましょう！ SOM on Hideki Taguchi.

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田口英樹のサプリメント: 2014/01 - 2014/02

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2014_01_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12288;最近、滞りがちのブログだが、いいネタが手に入った。例によって、出張先で見つけた一品だ。真冬のヨーロッパの街を歩いた甲斐があったというものである。 12288;一見、これまでに何回も紹介してきたふつうのキューブパズルに見えるかもしれない。 12300; 経路のちがうフォールディングパズル（2010.12.18）. 今までのは一辺が3つからなる 3×3×3 なのに対して、今回のは 4×4×4 である。 今までのが 3×3×3 = 27 だったのに対して、今回のは 4×4×4 = 64「アミノ酸」ということになる。当然、キューブのかたちを崩して「変性」させたあと、元に戻す「フォールディング」は難しくなる。 以下、キューブを崩して「変性」させた状態。 と、自力で戻したわけではなく、購入時に付いてきた解法を元にしている。 SOM on Hideki Taguchi. Cold Spring Harbor (Apr, 2016).

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田口英樹のサプリメント: 2015/02 - 2015/03

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2015_02_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 12300;顔 東工大の研究者たち」に掲載. 12288;東工大全学サイトの「 顔 東工大の研究者たち. 12301;シリーズにて、田口ラボでのシャペロン研究や新学術領域研究「新生鎖の生物学」を紹介してくれたのでご覧ください（昨年12月末に公開）。 12288;サイエンスライターの方が取材に来てまとめてくれたので、専門外の方でもわかりやすいと思います。 SOM on Hideki Taguchi. Cold Spring Harbor (Apr, 2016). 田口 英樹（東工大・生命理工）. 12300;顔 東工大の研究者たち」に掲載.

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田口英樹のサプリメント: 2012/07 - 2012/08

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2012_07_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 さらに、以前の大腸菌タンパク質の凝集形成の網羅解析（Niwa et al, PNAS 2009， 解説. 65289;の際に作ってもらったデータベース（ eSOL. Solubility database of all E.coli proteins）にシャペロンのデータも追加してもらった。 この実験で得られたデータセット（約800個×3種のシャペロンの効果）は、シャペロンの作用機構の詳細な解析や、タンパク質一般に広く通用する凝集になりやすいタンパク質の可溶化手法の確立に向けた研究に役立つことが期待されます。タンパク質の可溶化法の一般則が見いだされれば、抗体医薬などの創薬やタンパク質の工業的利用などの分野に非常に有用な知見となります。 本研究で得られたデータセットはパブリックデータベースとして一般に公開されており、大学、企業を問わずタンパク質を用いた基礎研究・応用研究に広く利用されることが期待されます。 この実験から得られた大規模データセットは、細胞の中で働...

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田口英樹のサプリメント: 2012/02 - 2012/03

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2012_02_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 自分の研究に最もしっくりくると考えている学会は日本蛋白質科学会であり、年に一度の年会には毎回参加している（理事にも選出していただいている）。 65289;で開かれるが、 そのポスターはうれしいことにシャペロニンGroELだ。GroELの作用機構サイクルがリアルに描かれていてわかりやすい。 一番左でGroEL（ベージュ色）とGroES（青）が基質となるタンパク質をGroEL内に閉じ込める直前から始まり、次に基質をGroEL内に閉じ込めたGroEL-GroES複合体となる。続いて、反対側のGroELリングにGroESが結合して基質が外れそうなステップまでウェブでは示されている（実際の印刷ポスターでは、内部に格納された基質タンパク質が放出されるところまで表現されている）。 ラベル: 「タンパク質の社会」. 先週（2月3日）発売された「 日経ヘルス. SOM on Hideki Taguchi. Cold Spring Harbor (Apr, 2016).

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田口英樹のサプリメント: 2012/08 - 2012/09

http://taguchi-hideki.blogspot.com/2012_08_01_archive.html

蛋白質科学者がつづる、シャペロン、フォールディング、プリオン、「新生鎖の生物学」、「タンパク質の一生」など・・・にまつわる補足情報。 正12面体パズル Mind Jewel（ミュンヘン２）. 12288;ミュンヘン出張でのパズル第二弾は、右の写真のような立体パズルである。Mind Jewelというらしい。 12288;プラスチック製のカラフルな正12面体の立体を崩したものを元に戻すという点では、前回のスネークパズルと同様のパズルである。 12288;崩してそのままの状態だと元に戻すのは思いのほか簡単。というのも、そのままだと元に戻す経路が一通りなので、ほとんど迷わなくてもいいからである。ラボに置いておいたら、スネークパズルに手こずっている学生が「これは簡単でいいですね！」と。 12288;しかし、実は難しくできるのだ。以下の図のように、正五面体のパーツをつなぐヒモが複数の辺にまたがっている部分がある。つまり、ヒモの位置をずらすことにより、経路が一筋縄ではいかなくなるのだ。 65288;ちなみにこの図の出典である Jaap's Puzzle page. 12288;「初代」と同...12288;実はこの模...