mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp
バイオインフォマティクス, 森下研究室Morishita Laboratory
http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/software
UT Genome Browser (Yeast). ヒト血液系における遺伝子の SAGE tag 解析サーバー. 東京大学 大学院 新領域 創成科学研究科 メディカル情報生命専攻. Proudly powered by WordPress.
yeast.gi.k.u-tokyo.ac.jp
SCMD Saccharomyces Cerevisiae Morphological Database
http://yeast.gi.k.u-tokyo.ac.jp/datamine/.;jsessionid=958A21C49B7127A140DEDAF3DECC9AD9
Teardrop View of ORF Parameters. Teardrop View of Average Shapes Grouped by. Is a collection of micrographs of budding yeast mutants. Micorgraphs of mutants with altered cell morphology were taken at Ohya Group. From a set of the haploid MATa deleted strains obtained from EUROSCARF. From the micrographs, disruptant cells are automatically extracted by our novel cell-image processing software developed at Morishita Group. Scerevisiae, yeast, bioinformatics, data mining.
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Teardrop View of ORF Parameters. Teardrop View of Average Shapes Grouped by. Is a collection of micrographs of budding yeast mutants. Micorgraphs of mutants with altered cell morphology were taken at Ohya Group. From a set of the haploid MATa deleted strains obtained from EUROSCARF. From the micrographs, disruptant cells are automatically extracted by our novel cell-image processing software developed at Morishita Group. Scerevisiae, yeast, bioinformatics, data mining.
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4月 | 2013 | 酵母コロキアム
https://yeastcolloquium.wordpress.com/2013/04
Yeast Colloquium: think next of yeast biology. のディスカッションで、プラズモダクションとプラスミドを用いた遺伝子破壊を組み合わせる事で、Synthetic Genetic Array (SGA)およびその関連技術を改善する事が出来るのではないか、という提言をしました。 は、Yeast ORF-deletion collectionやORF-overexpression collectionなどを使い、大量の遺伝子相互作用を網羅的に解析する手法. 1 酵母の全ORFについて、バーコード付き遺伝子破壊カセット 両端にI-SceI制限酵素認識配列付き をGAL-I-SceIプラスミド (. 2 ドナー株 からプラスミドを レシピエント株 にプラズモダクションで移動させる. A) 最終的に破壊された株は レシピエント株 とisogenicになるため、接合 胞子形成を介するSGAよりも均質なポピュレーションが得られる。 B) ドナー株 と接合できるかぎり、どのような株でも レシピエント株 として使用可能。 酵母の成功に触発されて、遺伝子単位でのノックアウト ノックダ...
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yeastcolloquium | 酵母コロキアム
https://yeastcolloquium.wordpress.com/author/yeastcolloquium
Yeast Colloquium: think next of yeast biology. 酵母勃興 分子生物学会年会でワークショップ 酵母ルネッサンス をやります. 1PW14 第 14 会場 神戸国際展示場 2 号館 3 階 3B 会議室. オーガナイザー 守屋 央朗 岡山大学 ,吉田 知史 ブランダイス大学. 13:15 Introduction 守屋 央朗 岡山大学. 13:20 1PW14-1 酵母で明らかにする、細胞が傷を治すメカニズム 河野 恵子,折井 みなみ,温 欣宜,中西 真 名市大 医. 13:38 1PW14-2 酵母だから測れる 、過剰発現のコピー数限界 守屋 央朗 岡大 異分野コア. 13:56 1PW14-3 酵母をとおしてみたゲノム維持の素顔 飯田 哲史1,2,4,飯田 直子 3,6,中嶋 映里香1,2,瀬々 潤5,中村 保一 3,6,小林 武彦1,4 1 国立遺伝研 細胞遺伝,2JST さきがけ,3 国立遺伝研 大量遺伝情報,4総研大,5東工大 理工 計算工学,6DDBJ. 2 ドナー株 からプラスミドを レシピエント株 にプラズモダクションで移動させる. その他にも、...
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Taro L. Saito, Ph.D. | xerial.org
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Taro L. Saito. Taro L. Saito, Ph.D. Software Engineer at Treasure Data, Inc. Language Skills: Scala (current favorite), Java, C/C , Ruby, Perl, R, Scheme, OCaml, Z80, etc. GitHub https:/ github.com/xerial. BitBucket https:/ bitbucket.org/xerial. Tutorial of the Scala programming language. Presentation Slides @ SlideShare. Leo's Chronicle (in Japanese): http:/ leoclock.blogspot.com. Xerial Blog: http:/ voice.xerial.org. April 2005 - March 2007. April 2007 - February 2014. March 2014 - June 2015. MachiBase...
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Genome Sciences | xerial.org
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Taro L. Saito. Cluser Computing Platform for Genome Sciences. Personal genome analysis involves massive amount of data analysis: genome sequence alignment, SNP calls, finding desease-related mutations, etc. These data analysis involves tons of data managment (e.g., compression, file I/O, table joins, filtering, etc.) Silk supports running these complex data analysis pipeline in a cluster machine. Genome browsers developed by UTGB. The Primary Transcriptome of. This is due to the high frequency of trans-s...
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Publications | xerial.org
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Taro L. Saito. Taro L. Saito. Toshiya Nishimura, Amaury Herpin, Tetsuaki Kimura, Ikuyo Hara, Toshihiro Kawasaki, Shuhei Nakamura, Yasuhiro Yamamoto, Taro L. Saito. Jun Yoshimura, Shinichi Morishita, Tatsuya Tsukahara, Satoru Kobayashi, Kiyoshi Naruse, Shuji Shigenobu, Noriyoshi Sakai, Manfred Schartl, and Minoru Tanaka. Analysis of a novel gene, Sdgc, reveals sex chromosome-dependent differences of medaka germ cells prior to gonad formation. July 30, 2014, doi:10.1242/dev.106864. Taro L. Saito. Matthias ...